当前，畜禽产品从源头到流通的各个环节，存在不少卫生安全隐患，既威胁人民群众的身体健康，又影响畜禽产品的出口，损害国家的形象，亟须引起有关方面的高度重视。
　　免疫学专家熊思东委员认为，畜禽产品的安全隐患主要在于种养环节，养殖环境污染，源于农药和工业“三废”的乱排乱放；而饲料污染，则是由过量的添加矿物制剂，导致砷铜锌超标造成的。此外，养殖方式落后，也是存在于种养环节的主要问题。据统计，散养占总体养殖70%，人畜禽混居普遍，兽药、抗菌素滥用现象也屡见不鲜，一些牛养殖企业使用非法进口的国外疯牛病疫区的动物性饲料喂养，形成了疯牛病疫情潜在风险。
　　屠宰环节中的安全隐患同样应引起重视。屠宰规划往往仅限于生猪，牛羊兔等畜禽都未列其中，致使不合格产品有机可乘。非标准化屠宰场又比比皆是，操作极不规范。熊委员说，“内脏包装产品仅占10%左右。”
　　有关部门对此却并未引起重视，管理相当粗糙，一些省市的生猪屠宰场生产经营又是以承包、租赁方式存在，内脏产品大多由没有正规执照的个体收购，相应的检疫检验跟不上，私屠滥宰现象也屡禁不止，使老百姓很难吃上放心肉。
　　此外，熊委员还指出，畜禽产品的储存、批发以及大型超市卖场尚未建立起全覆盖的溯源机制，索证、验证、复查等市场准入也不够严格。面对这一现象，政府的一些举措却漏洞百出，大部分省市竟还未建立起专业化的监管机构，无法适应全方位生产过程的监管。检验检测标准也处于非常落后的状态，如瘦肉精，仅局限于盐酸克伦特罗等指标，根本无法起到有效的监督作用。